Google Cloud Life Sciences 運算子¶

Google Cloud Life Sciences 是一項服務，可在 Google Cloud 上執行一系列運算引擎容器。它用於大規模處理、分析和註解基因體學和生物醫學數據。

先決條件任務¶

要使用這些運算子，您必須完成以下幾件事

使用 Cloud Console 選擇或建立 Cloud Platform 專案。

為您的專案啟用計費功能，如 Google Cloud 文件中所述。

啟用 API，如 Cloud Console 文件中所述。
透過 pip 安裝 API 程式庫。
pip install 'apache-airflow[google]'
詳細資訊請參閱安裝。
設定 Google Cloud 連線.

管線配置¶

為了執行管線，必須配置請求主體。以下是一個包含單一動作的管線配置範例。

tests/system/google/cloud/life_sciences/example_life_sciences.py[原始碼]

SIMPLE_ACTION_PIPELINE = {
    "pipeline": {
        "actions": [
            {"imageUri": "bash", "commands": ["-c", "echo Hello, world"]},
        ],
        "resources": {
            "regions": [f"{LOCATION}"],
            "virtualMachine": {
                "machineType": "n1-standard-1",
            },
        },
    },
}

管線也可以配置多個動作。

tests/system/google/cloud/life_sciences/example_life_sciences.py[原始碼]

MULTI_ACTION_PIPELINE = {
    "pipeline": {
        "actions": [
            {
                "imageUri": "google/cloud-sdk",
                "commands": ["gsutil", "cp", f"gs://{BUCKET_NAME}/{FILE_NAME}", "/tmp"],
            },
            {"imageUri": "bash", "commands": ["-c", "echo Hello, world"]},
            {
                "imageUri": "google/cloud-sdk",
                "commands": [
                    "gsutil",
                    "cp",
                    f"gs://{BUCKET_NAME}/{FILE_NAME}",
                    f"gs://{BUCKET_NAME}/output.in",
                ],
            },
        ],
        "resources": {
            "regions": [f"{LOCATION}"],
            "virtualMachine": {
                "machineType": "n1-standard-1",
            },
        },
    }
}

請閱讀請求主體參數，以了解您可以包含在配置中的所有欄位

執行管線¶

使用 LifeSciencesRunPipelineOperator 來執行管線。

tests/system/google/cloud/life_sciences/example_life_sciences.py[原始碼]

    simple_life_science_action_pipeline = LifeSciencesRunPipelineOperator(
        task_id="simple-action-pipeline",
        body=SIMPLE_ACTION_PIPELINE,
        project_id=PROJECT_ID,
        location=LOCATION,
    )

參考資料¶

如需更多資訊，請參閱